La biologie a changé : Comment enrichir mes cours?

Comment la biologie réussit-elle à faire face aux masses d'informations produites par les nouvelles technologies? Actuellement on ne fait plus seulement de la biologie in vivo et in vitro , mais aussi in silico et ce dans tous les domaines, aussi bien en biologie moléculaire, qu'en zoologie, écologie ou évolution. Comment intégrer ces changements dans nos cours? -> direct aux scénarios

Une sélection de points d'entrée :

UniProt (UniGenève)
- Education
- Chromosome walk au fil du génome humain >
MapViewer
BLAST
PubMed
OMIM
BookShelf
- Gene&Diseases
BioUtils
Bio-Tremplins
Sélection Liens-BIST

Formation continue 23 I 2014

Collège de la Seymaz

Précédentes formations :

'Les 1000 génomes humains, les maladies et la diversité humaine : accessibilité, applications possibles en classe'.Avec Prof. Stylianos E. Antonarakis et Prof. Alicia Sanchez-Mazas

Documents présentés durant le cours

Cours 09-10 : PO 422 - Les nouvelles preuves de l'évolution : y accéder en classe ! Avec Prof. M. Milinkovitch et I. Rodriguez

Documents présentés durant le cours

Présentations M.-C.Blatter 19-XI09 | M. Milinkovitch
- Nachman, Michael W. (2003) The genetic basis of adaptive melanism in pocket mice
I. Rodriguez 20-XI09
- Ce qu'on sait des phéromones chez l'homme ? Bio-Tremplins 13 I 08
- les souris détectent la maladie à l'odeur... Un docteur dans le nez des souris ? Bio-Tremplins 29V09
Autres mentionnés durant le cours Sélection de liens Evolution | Des génomes et des protéines

BIST, les scénarios :

Concepts essentiels.
- Quelques rappels et notions de base présentation M.-C. Blatter
- Glossaire et FAQ: Glossaire
- Ce qu'est BLAST
Les différentes banques de données et les différents outils : Liens
Ressources
Scénarios
- Scénario ABC : Balade guidée
- Scénario 1 : du nom de la protéine aux séquences / position sur Chromosome
- Scénario 2 : Du gel à la protéine
- Scénario 3 Daltonisme -> séquences
  - Scénario 3 Mucoviscidose
  - Scénario 3 Anémie falciforme
  - Scénario 3 Duchenne
- Scénario 4 : Du nom de la protéine à la structure 3-d
- Scénario 5 : Evolution de l'insuline
- Scénario 6 : Spécificité du BLAST
- Scénario 7 : Convertir séquence ADN ->protéine
  - Scénario 7b : Séquence en acides nucléiques -> Séquence en acides aminés
- Scénario 8 : Trouver la séquence d'un génome complet
- Scénario 9 : Nombre de gènes pour chaque chromosome
- Scénario 10 : Trouver des séquences de Mammouth
- Scénario 11 : Digestion virtuelle in silico de plasmide avec des enzymes de restriction
- Scénario 12 : Prédiction de gènes.
- Scénario 13 : Cibles des antibiotiques : protéines eucaryotiques
- Scénario 14 : Se tenir à jour : Comparaison génome homme-chimpanze-autres organismes
- Scénario 15 : de Nature ou Science au matin bleu
- Scénario 16 : La pizza taxonomique
- Scénario17 : Analyse des protéines exprimées dans un tissu donné
- Scénario 18 : De l'espèce à la position taxonomique et à la carte de répartition
- Scénario 19 : La grippe : surveiller l'apparition des variantes inquiétantes de H5N1
- Scénario 20 : Phytosociologie : du nom de la plante aux facteurs écologiques et aux espèces associées / Phytotypes
- Scénario21 : 3 exemples d'application des micro-array
  - le développement des organes par l'expression des gènes MicroArray
- Scénario22 : Notre génome est-il naturel : explorons-le !
  - Scenario22- plus-simple :
- Scénario24 : 1000 génomes : les exploiter en classe.
- Scénario25 : Explorer l'expression des gènes.
- Autres -scénarios ( esquisses )

Un schéma pour situer les relations entre outils et quelques concepts centraux

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Liens

Liens pour ce cours
Ressources rassemblées pour ce cours.

Bibliographie

Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2003). Bioinformatics for Dummies . Hoboken, NJ: Wiley.
Campbell, A. M., & Heyer, L. J. (2007). Discovering genomics, proteomics, and bioinformatics: Benjamin Cummings San Francisco. ( on-line )
Attwood, T. K., & Parry-Smith, D. J. (1999). Introduction to bioinformatics: DNA sequence analysi s: Prentice Hall.

Remerciements

Ce séminaire est organisé dans le cadre de la Formation Continue du Post-Obligatoire Genève, avec le soutien du SEM-formation, de TECFA, du groupe SwissProt de l'institut Suisse de Bioinformatique ISB/SIB.

Merci au Pr Strubin, du CMU pour son aide décisive au départ : pour avoir accueilli des élèves, aidé à concevoir lese premiers scénarios, mis en rapport les auteurs et son aide à la recherche de gels, etc

Merci aux élèves - parfois volontaires - pour leur participation à l'élaboration des scénarios

M.C. Blatter | F.Lombard

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