| Attention : ce scénario n'a pas été révisé depuis janvier. 2007 au rythme ou lees choses changent, il faut s'attendre à ce que certains liens ne fonctionnent plus ou que l'apparence voire la structure de certains sites aitent changés considérablement. Il nous parait toutefois largemetn utilisable pour qui veut bien faire l'effort de chercher un peu. |
Ce Coliphage (Virus bactériophage) est célèbre dans la mesure où c'est le premier génome de virus qui a été séquencé complètement, en 1978
Aller sur le site (serveur) du NCBI
Utiliser l'outil "search": sélectionner "genome" et taper phi X174
Vous arrivez sur une page avec ds lignes de résultats.
Sélectionner (cliquer sur) celui qui s'intitule Coliphage phiX174, complete genome : NC_001422
Vous arrivez sur une première page avec un schéma récapitulatif et quelques chiffres.
On y voit que le génome est circulaire...(Topology : circular)
Le schéma vous permet aussi de voir rapidement que le génome est circulaire... 
et de sélectionner la "tranche de gâteau" illustrée plus bas.
On voit les gènes figurés dans le schéma au centre du bas :
Chaque trait bleu foncé est un gène :
On y voit que dans cette partie du virus les 3 phases de lecture sont utilisées !
Cliquer sur NC_001422 dans le tableau
Vous arrivez dans l'entrée RefSeq avec à la fin la séquence complète du bactériophage.
Remarque: cette approche directe est possible, car le génome de phi X174 est "petit" et est donc stocké en une fois dans les banques de données, ce qui n'est pas le cas du génome humain (voir la question sur le nombre de gènes par chromosome humain)
Si vous parcourez l'entrée, vous avez également les séquences des protéines qui sont codées par ce génome.
Pour l'anecdote: des chercheurs ont synthétisé en laboratoire et en 14 jours la séquence complète de ce coliphage: et le Coliphage synthétique possède toutes les activités biologiques du Coliphage naturel !
In 14 days, the researchers created the artificial phi X by piecing together synthetic DNA ordered from a biotechnology company. Publication La publication dans PubMed
La synthèse in vitro d'un génome complet n'était pas le premier essai, juste la tentative la plus rapide....
Last year (2002), a separate group of researchers synthesized a polio virus using chemicals ordered over the Internet and from mail order catalogs. The poliovirus is slightly larger than phi X. It took the researchers months to a year to complete the poliovirus project. Synthesis of a harmful virus raised ethical concerns among the public as well as the scientific community.
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