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Scénario 9 : Nombre de gènes pour chaque chromosome


Objectif : Trouver le nombre de gènes connus/prédits pour chaque chromosome humain


Attention : ce scénario n'a pas été révisé depuis janvier. 2007 au rythme ou lees choses changent, il faut s'attendre à ce que certains liens ne fonctionnent plus ou que l'apparence voire la structure de certains sites aitent changés considérablement. Il nous parait toutefois largemetn utilisable pour qui veut bien faire l'effort de chercher un peu.

Dans le cas des organismes supérieurs, il n'est plus possible d'avoir la séquence du gènome en 1 seule entrée: il faut donc utiliser d'autres approches pour avoir accès aux séquences.

Voici un exemple: Trouver le nombre de gènes connus/prédits pour chaque chromosome humain

Utiliser à nouveau le site du NCBI "Entrez genome"

On s'intéresse au génome humain: sélectionnez Eukaryota.

Vous tombez sur une page où il y a la liste des eukaryotes pour lesquels on a la séquence du génome complet. Chercher Homo sapiens

Si vous cliquez sur Homo sapiens vous tombez sur la page "Map viewer" du scénario 1

Vous pouvez ensuite cliquez sur chacun des chromosomes: en dessous du schéma du chromosome (milieu de la page) (solution) il y aura le nombre de gènes actuellement connus sur le chromosome en question.

Voir aussi dans les autres scénarios : Avec la nouvelle (troisième) version du génome humain, ils ont construit des entrées RefSeq numérotées de NC_000001 à NC_000024 qui donnent accès à la séquence complète des chromosomes humains 1 à 24 respectivement (inclu donc le Y). Avec ces entrées "constructed", les "gaps", les régions qui ne sont pas encore terminées (problèmes de séquençage ou d'assemblage) sont clairement indiqués.

Et pour l'ADN mitochondrial ?

Dans la liste des chromosomes, il y a également "MT" pour l'ADN mitochondrial.

Si vous cliquez sur "MT" vous arrivez sur une page avec un schéma de l'ADN mitochondrial (il est circulaire)

Si vous cliquez sur le no d'accession RefSeq NC_001807 , vous avez à nouveau accès à la séquence en acide nucléique et à toutes les séquences de protéines codées par le génome mitochondrial humain.


Liens

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