Scénario 3 bis : Maladie génétique : du nom -> séquences et infos maladie (anémie falciforme)

Objectif : être capable de trouver la séquence du gène associé à la maladie (Anémie Falciforme, ici) et des informations sérieuses sur cette maladie (les causes, la prévalence, les mutations, etc ) voir aussi (PKU = phenylcetonuria, Mucoviscidose = Cystic Fibrosis scénario , Daltonisme = colorblindness, Anémie falciforme : scénario) = sickle-cell disease, Dystrophie de Duchenne-scénario =Duchenne muscular dystrophy =DMD )

Exemple avec l'anémie falciforme:

Anémie falciforme -> séquence aa. ( sain / malade) ->séquence ADN ( sain / malade)

Principe :

1. Trouver des infos sur la maladie grâce à Gene and Disease
2. Identifier les gènes impliqués et leur localisation sur les chromosomes grâce à Mapviewer
3. Collecter des informations sur la maladie ( et les noms de gènes) grâce à MIM
4. Trouver les mutations responsables des maladies grâce à HMGD
5. Trouver les séquences ADN, ARN et protéines via Entrez Gene

1 - Trouver des infos sur la maladie grâce à Gene and Disease

• Genes and diseases: un outil "user friendly" pour trouver les gènes impliqués dans les maladies, proposé par le NCBI Depuis Genes and Diseases taper colorblindness
• Choisir la maladie
• Solution
• Taper sickle cell : on arrive sur Anemia, sickle cell Solution
• Cliquer le lien on a un schéma et pas mal d'infos sur la maladie ( imprimer depuis le PDF la page anémie falciforme )

2. Identifier les gènes impliqués et leur localisation sur les chromosomes grâce à Mapviewer

On trouve à gauche plusieurs liens "Links", qui nous envoient vers Map Viewer et Entrez Gene entre autre.

Mapviewer est un moteur de recherche spécialisé qui permet de trouver la position de gènes sur les chromosomes à partir de leur nom ou du nom de la maladie.

• Suivre le lien dans le cadre de droite vers Map Viewer (le lien est nommé Genome view !)
• Solution
• Choisir Quick Filter -> Transcript :-> RefSeq cliquer Filter
• Choisir la ligne Homo sapiens hemoglobin, beta...HBB), mRNA NM_000518.4
• On arrive sur un agrandissement du Chr 11 on y voit la position du gène
• Solution
• Cliquer sur l'a bbérviation HBB du gène 3043
• On a le gène, (nom officiel HBB) le schéma de ses introns-exons , et de nombreux liens Solution

3 Découvrir des informations sur la maladie ( et les noms de gènes) grâce à MIM

• OMIM :
  On-linMedelian Inheritance In Man est un base d'infos génétiques humaines (notamment sur les maladies)

  Cliquer OMIM à droite dans la marge
• On arrive sur le gène de l'hémoglobine où une lectire rapide nous renvoie vers le gène mutant : #603903 solution
• On y trouve des infos sur la maladie et les gènes associés

Trouver les mutations

• Cliquer Allelic Variants - View List
• une longue liste de variatnes alléliques apparait

4 Trouver les mutations responsables des maladies grâce à HMGD

• Cliquer HGMD à Gauche
• On accède à HGMD pour ce gène HBB
• On y trouve des infos sur la maladie et les gènes associés -si l'on s'identifie une fois pour toutes c'est gratuit pour les écoles et les unis.
• Solution

La séquence est passablement en bas à gauche (cDNA)
Les mutations : Sélectionner Nucleotide substitutions (missense / nonsense)
On obtient une longue liste des mutations possibles
Aller voir la liste des "Nucleotide substitutions (missense / nonsense)". Pour chaque mutation, vous avez la position du codon et si oui ou non elle est associée à une maladie et si oui avec laquelle.
Une entrée Swiss-Prot est plus explicite...(HBB_HUMAN)

5 Trouver les séquences ADN, ARN et protéines via Entrez Gene

• Depuis mapviewer gène HBB (ici donc)
• cliquer 3043 à côté de HBB afin d'aller dans entrez Gene
• Solution
• Pour avoir accès à la séquence de l'hémoglobine béta, cliquer sur le petit schéma de la séquence

• A gauche sélectionnner le mRNA au format FASTA (NM_000518)Solution

• A droite sélectionnner PROTEIN et format FASTA (NP_000509)Solution

Pour les avancés

• Dans la page EntrezGene de HBB Cliquer le lien SNP . Cela vous amène dans la banque de données spécialisées sur les polymorphismes humains (solution)

• Remarque: cette banque fait la liste des mutations les plus fréquentes et donc pas forcément celles qui sont associées à une maladie !

Liens :

• Sélection de liens BIST