Qu'est-ce qu'un BLAST ?

BLAST

Basic Local Alignment and Search Tool

Pour les passionnés: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_FAQs.shtml

Outil informatique très efficace, (en fait un algorithme permettant de quantifier la similitude entre 2 séquences) permettant de faire des recherche de similarité à partir d'une séquence (protéine ou nucléique) sur toutes les séquences (ou un sous-ensemble de séquences) existantes dans une base de données.

Selon le type de séquence à analyser on a le choix entre : Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) Protein-protein BLAST (blastp) Translated query vs. protein database (blastx) Protein query vs. translated database (tblastn) Translated query vs. translated database (tblastx)

2. Où trouver ce programme ?

De nombreux serveurs donnent accès à cet outil, comme :

ExPASy (BLASTp uniquement) : http://www.expasy.org/tools/blast/

NCBI (tous les BLASTs): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

En général, il vaut mieux ne pas Blaster contre le génome directement, mais contre les séquences nucléotidiques (human genomic + transcipts (G + T)).

Remarque : de façon générale, les séquences soumises doivent être au format Fasta.

3. Utilisation des paramètres

De façon générale, il vaut toujours mieux utiliser les paramètres par défaut, surtout si on n'est pas expert dans le domaine.

On a le choix

a) des banques de données contre lesquelles on veut « blaster » notre séquence (exemple : toutes, une sélection, un organisme donné?)

b) Expect value : valeur pour laquelle on considère que le match = appariement n'est pas dû au hasard. Si on travaille avec des séquences très courtes, on peut se permettre d'augmenter cette valeur, afin que le programme nous donne quand-même des résultats qu'il aurait ignorés si on n'avait pas modifié cette valeur.

4. Interprétation des résultats

Les résultats d'un Blast sont en 4 parties :

1. Un schéma graphique : les meilleures résultats sont en rouge, suivis par les verts, les plus mauvais en bleu et noir)
2. La liste des meilleurs hits (liste de numéro d'accession cliquable), avec le E-value et le Bit score
   • Bit score : mesure statistique de la validité de l'alignement : plus la valeur est élevée, plus les 2 séquences sont similaires. En-dessous de 50, le résultat n'est pas fiable.
   • E-value : ?Expectation value? : estime la chance que vous auriez de trouver le même résultat par hasard. Plus la valeur est faible (proche de 0), meilleure est votre résultat. Au-dessus de 0.001, vos résultats ne sont pas bons.
3. Alignements : alignement de votre séquence (query) avec la séquence la plus proche que Blast a trouvé (subject, sbjct).
4. Liste des paramètres que vous avez utilisés pour votre recherche.

 BLAST for Beginners @ digitalworldbiology. Tutorial très détaillé.