Freud avait commencé peu à peu un travail d'auto-analyse en s'interrogeant sur ses propres productions psychiques à la lumière de ce qu'il mettait à jour chez ses patients. Aussi, lorsque le 23 octobre 1896 mourut le père de Freud, celui-ci porta une attention particulière au contenu de ses rêves. Au fil des mois qui suivirent, Freud présenta divers symptômes révélant la présence d'une importante angoisse. C'est alors qu'il se livra à une intensification de son travail d'auto-analyse . Ces quelques mois lui permettront de soulager ses angoisses et, surtout, de poser les pierres d'assises de toute la psychanalyse: l'abandon de la théorie de la séduction (disant que l'abus sexuel réel de l'enfance est à la source de toute névrose) et l'élaboration du complexe d'Oedipe.

   C’est dans une lettre à Wilhelm Fliess que Freud en fait cas en premier, au travers de son interprétation de la pièce de Sophocle "Śdipe roi", il écrivit: "Chaque auditeur fut un jour en germe, en imagination, Śdipe". La théorie de l’Śdipe fut, à l’origine, développée au sujet des enfants mâles et son application mutatis mutandis au développement de la petite fille fera couler beaucoup d'encre.

   L'auto-analyse, en tant que moment fondateur de la psychanalyse, a été l'objet de plusieurs études et interprétations. Presque tous s'entendent sur l'importance du rôle de Fliess en tant que support du transfert et sur l'utilisation de la correspondance comme lieu de rencontre.
 
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