Dès son retour à Vienne, Freud s'était   heurté à l'hostilité de ses collègues de la Société des médecins lorsqu'il tentait de rendre compte de ce qu'il avait appris auprès de Charcot. Seul Breuer avait toujours soutenu Freud et ils avaient pour habitude de mettre tous leurs intérets scientifiques en commun. Suite à leur coopération, Freud publie en 1895 la biographie clinique d'Anna O. dans  "Etudes sur l'hystérie", livre qui sera le point de départ de la psychanalyse.
 Pourtant, Freud abandonne déjà progressivement la méthode hypnotique. En effet, les améliorations constatées étaient souvent peu durables et Freud remarque que ces améliorations obtenues après hypnose , au réveil du patient, sont décuplées quand il amène le patient à se ressouvenir de ce qu'il avait vécu, mais d'une manière consciente cette fois-ci. De plus Freud lui-même se considére comme un piètre hypnotiseur.

            Freud abandonne donc la technique de l'hypnose pour adopter celle, plus personnelle, du divan. Il installe ses patients en  position allongée, sur un lit de repos derrière lequel il s'asseoit, ce qui lui permet de voir sans être vu lui-même pour permettre la résurgence des souvenirs du patient. Ce dernier doit dire tout ce qui lui passait à l'esprit peu importe la cohérence des souvenirs. C'est le début des associations libres qui sont à la base de la thérapie verbale ou psychanalyse. Ce nouveau dispositif permet de mettre en évidence un jeu de forces dans le psychisme : tout ce qui était oublié avait été pénible, ou effrayant, ou douloureux, ou honteux au regard des prétentions qu'avait la personnalitépeut remonter à la surface. Pour que les pensées oubliées fassent retour à la conscience, il faut surmonter quelque chose qui résistait chez le malade, faire pression sur celui-ci.

            Freud s'aperçoit rapidement qu'à travailler sur le refoulement, il est très souvent ramené à des périodes toujours plus précoces de la vie du malade, jusqu'aux premières années de l'enfance. Il s'avère en fait que les impressions des premières périodes de la vie, bien que tombées sous le coup d'une amnésie, sont déterminantes pour le développement de l'individu, et peuvent prédisposer à une névrose ultérieure. Freud met alors en évidence l'importance des excitations sexuelles infantiles, des expériences de plaisir du corps dans la prime enfance. L'existence d'une véritable sexualité infantile est découverte, ce qui provoque dans l'entourage de Freud une explosion d'indignation considérable.

            Breuer tenta dans un premier temps de le soutenir, mais sans véritable inclination personnelle. Freud met d'ailleurs en évidence les raisons de l'ambivalence de son collègue et ami au regard de l'étiologie sexuelle. Breuer avait en effet été confronté, avec Anna O., à un épisode d'amour de "transfert", révélation qui causa l'interruption brutale du traitement de Anna O. par Breuer.
 
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