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Scénario 1: Balade dans les banques de données.

Exemple avec l'EPO (Erythropoiétine)

Objectifs :

A partir du nom de la protéine (Erythropoiétine EPO) localiser le gène sur les chromosomes humains, trouver la séquence d'acides aminés et éventuellement la séquence en acides nucléiques.

Pour une version simplifiée voir BIST-ABC

La démarche inverse, du gène dans les chromosomes à la séquence du gène : scénario 1b ici

Cet exemple a été réalisé avec l'EPO , mais on peut le réaliser avec l'insuline ou avec d'autres protéines : Liste d'exemples de protéines


1° Trouver l'Erythropoiétine, sa séquence d'acides aminés

2° Trouver les séquences en acides nucléiques du gène de l'EPO,

2 a) Accéder à la séquence d'ADN (génomique) et mRNA codant pour l'EPO

Ce browser indique dans une page interactive de nombreuses informations dont :

la séquence présentée en bases : chr7:100,318,423-100,321,323 2,901 bp

un schéma du chromosomes correspondant ( 7) avec la position repérée en rouge ( bras long vers le milieu)

les introns représentés avec une barre épaisse et les exons avec le sens de transcription indiqué par des >>>> ou <<<<

On peut visualiser les variantes et les snp en ajustant les paramètres Touuuut en bas : common SNPs(138) : full et Genome variants : Full

On peut ainsi voir l'alignement avec d'autres organismes et les variantes connues.

Le degré de conservation de la protéine est un reflet de la pression de sélection.

3° Trouver la séquence nucléotidique.

4° Situer cette séquence dans son chromosome.

L'idéogramme à gauche montre un schéma des chromosomes avec le chromosome 7 encadré codant pour l'EPO :

cf ci-contre : cliquer pour agrandir .

Partie de droite : Le schéma en haut représente le chromosome 7 avec en bleu pale la position de la zone agrandie en-dessous.

Les bandes en-dessous schématisent une section du chromosome avec le gène EPO au milieu la séquence, la structure du gène (introns-exons) et d'autres paramètres comme les SNP

Sélectionner dans la bande (avec les position en nucleotides ou K) pour effectuer un zoom : Selectionner l'icone zoom to selection pour Zoomer "out" jusqu'à faire apparaitre la limite entre un exon et un intron pour noter qu'ils ne sont pas intrinsèquement différents. (solution)

On peut aussi zoomer en arrière (dans le schéma du chromosome et visualiser l'ADN non codant entre les gènes et mettre en évidence la faible place des gènes. (solution)

5 D'autres exemples de proteines :

On peut aussi faire cette procédure avec d'autres protéines connues.

M. C. Blatter a rassemblé une Liste d'exemples de protéines avec :


Liens :

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