Scénario 1: Balade dans les banques de données.

Exemple avec l'EPO (Erythropoiétine)

Objectifs :

A partir du nom de la protéine (Erythropoiétine EPO) localiser le gène sur les chromosomes humains, trouver la séquence d'acides aminés et éventuellement la séquence en acides nucléiques.

Pour une version simplifiée voir BIST-ABC

La démarche inverse, du gène dans les chromosomes à la séquence du gène : scénario 1b ici

Cet exemple a été réalisé avec l'EPO , mais on peut le réaliser avec l'insuline ou avec d'autres protéines : Liste d'exemples de protéines

1° Trouver l'Erythropoiétine, sa séquence d'acides aminés

Swiss-Prot Banque de données de séquences de protéines annotées manuellement . Swiss-Prot et TrEMBL (annotation automatique) réunis s'appellent UniProt et donnent accès à toutes les séquences de protéines connues (~18Millions).
Accéder à UniProt (=Swiss-Prot),
Notez bien le logo distinctif :
Introduire le terme à rechercher : Erythropoiétine

Le serveur corrige ou propose une orthographe anglaise : Solution
On obtient une page de liens vers les entrées pour l'EPO de diverses espèces : on repère EPO_HUMAN facilement
Notez bien que EPOR_HUMAN Erythropoietin receptor precursor (EPO-R) n'est pas la protéine recherchée mais un précurseur de son Récepteur .
Quand la liste est très longue, on peut restreindre les résultats selon un critère : choisir protein name. Restrict term "erythropoietin" to gene ontology, protein name, web resource.
Cliquer l'entrée pour l'EPO P01588 :Solution

La fiche sur la protéine EPO rassemble - par section - les infos auxquelles on peut accéder pour cette séquence.
Dans cette abondance d'informations les sections les plus utiles incluent :
General annotation (Comments) · · · · Sequences · · · Cross-references

General annotation : décrit notamment la fonction, la localisation subcellulaire, et les applications pharmaceutiques ou autres.
Convertisseur code 1 lettre -> code 3 lettres des acides aminés : One -to-Three | Three to One
Tableau des Abbrév acides aminés à une lettre/ 3lettres
Sequences : affiche la séquence en acides aminés (Les acides aminés sont en code à une lettre.
Cross-references : cette section rassemble de très nombreux liens vers des autres bases de données pour cette même protéine.
Dans cette abondance d'informations les cross-references les plus utiles incluent :

2° Trouver les séquences en acides nucléiques du gène de l'EPO,

2 a) Accéder à la séquence d'ADN (génomique) et mRNA codant pour l'EPO

Sur le schéma de l'alignement des séquences genomiques et protéiques : "Genomic regions, transcripts, and products"

3° Situer cette séquence dans son chromosome.

On visualise un agrandissement de la région du chromosome 7 codant pour l'EPO :

cf ci-contre : cliquer pour agrandir .

L'idéogramme à gauche montre un schéma du chromosome 7 avec en rouge la position de la zone agrandie à droite.

Les lignes verticales schématisent la séquence du chromosome à cet endroit avec la structure du gène (introns-exons)

Cliquer dans l'indicateur de zoom permet de prendre du recul : Zoomer "out" jusqu'à faire apparaitre le gène parmis d'autres.Avec le gène EPO au milieu

On peut ainsi visualiser l'ADN non codant entre les gènes et mettre en évidence la faible place des gènes.

Scénario 1: Balade dans les banques de données.

Exemple avec l'EPO (Erythropoiétine)

Objectifs :

1° Trouver l'Erythropoiétine, sa séquence d'acides aminés

2° Trouver les séquences en acides nucléiques du gène de l'EPO,

2 a) Accéder à la séquence d'ADN (génomique) et mRNA codant pour l'EPO

3° Situer cette séquence dans son chromosome.

4 Autres exemples:

Liens :