La biologie a changé : Comment enrichir mes cours?

Comment la biologie réussit-elle à faire face aux masses d'informations produites par les nouvelles technologies? Actuellement on ne fait plus seulement de la biologie in vivo et in vitro , mais aussi in silico et ce dans tous les domaines, aussi bien en biologie moléculaire, qu'en zoologie, écologie ou évolution. Comment intégrer ces changements dans nos cours?

Une sélection de points d'entrée :

UniProt (UniGenève)
- Education
- Chromosome walk au fil du génome humain >
MapViewer
BLAST
PubMed
OMIM
BookShelf
- Gene&Diseases
BioUtils
Bio-Tremplins
Sélection Liens-BIST

Cette année cours PO-11401 :

Résultat de l'evaluation par les participants

'Les 1000 génomes humains, les maladies et la diversité humaine : accessibilité, applications possibles en classe'.

On dispose depuis peu de plusieurs génomes et leur nombre augmente très rapidement. Un projet est train d'en séquencer 1000. Leur analyse doit-elle changer notre perspective sur l’identité et la diversité humaine ?

8h45 Prof. Stylianos E. Antonarakis , Département de Médecine Génétique et Développement, Université de Genève
13h30 Prof. Alicia Sanchez-Mazas , Département de génétique et évolution - Unité d'anthropologie
Université de Genève

Date Mercredi 25 janvier Unimail 2012 Salle 2160

Les séquences de plusieurs génomes humains sont maintenant disponibles. De nombreux projets sont en cours, dont ‘ 1000 Genomes ’ dans lequel l'équipe du Prof Stylianos E. Antonarakis est impliqué.

L’analyse des génomes humains doit-elle changer notre perspective sur l'identité et la diversité humaine ?
Leur comparaison permet-elle d'aborder la santé et l'étude des maladies sous un autre angle ?
Qu'est-ce que le génome humain ?
Quels sont les changements auxquels on peut s’attendre avec l’arrivée de ‘multiples’ génomes humains?

Discussion triangulaire chercheurs en science / en éducation / enseignants des possibles applications dans différents programmes. Exploration de scénarios d’utilisation en classe, discussion de leur pertinence.

Flyer avec tous les détails

Documents présentés durant le cours

BIST, les scénarios :

Concepts essentiels.
- Quelques rappels et notions de base présentation M.-C. Blatter
- Glossaire et FAQ: Glossaire
- Ce qu'est BLAST
Les différentes banques de données et les différents outils : Liens
Ressources
Scénarios
- Scénario ABC : Balade guidée
- Scénario 1 : du nom de la protéine aux séquences / position sur Chromosome
- Scénario 2 : Du gel à la protéine
- Scénario 3 Daltonisme -> séquences
  - Scénario 3 Mucoviscidose
  - Scénario 3 Anémie falciforme
  - Scénario 3 Duchenne
- Scénario 4 : Du nom de la protéine à la structure 3-d
- Scénario 5 : Evolution de l'insuline
- Scénario 6 : Spécificité du BLAST
- Scénario 7 : Convertir séquence ADN ->protéine
  - Scénario 7b : Séquence en acides nucléiques -> Séquence en acides aminés
- Scénario 8 : Trouver la séquence d'un génome complet
- Scénario 9 : Nombre de gènes pour chaque chromosome
- Scénario 10 : Trouver des séquences de Mammouth
- Scénario 11 : Digestion virtuelle in silico de plasmide avec des enzymes de restriction
- Scénario 12 : Prédiction de gènes.
- Scénario 13 : Cibles des antibiotiques : protéines eucaryotiques
- Scénario 14 : Se tenir à jour : Comparaison génome homme-chimpanze-autres organismes
- Scénario 15 : de Nature ou Science au matin bleu
- Scénario 16 : La pizza taxonomique
- Scénario17 : Analyse des protéines exprimées dans un tissu donné
- Scénario 18 : De l'espèce à la position taxonomique et à la carte de répartition
- Scénario 19 : La grippe : surveiller l'apparition des variantes inquiétantes de H5N1
- Scénario 20 : Phytosociologie : du nom de la plante aux facteurs écologiques et aux espèces associées / Phytotypes
- Scénario21 : 3 exemples d'application des micro-array
  - le développement des organes par l'expression des gènes MicroArray
- Scénario22 : Notre génome est-il naturel : explorons-le !
  - Scenario22- plus-simple :
- Scénario24 : 1000 génomes : les exploiter en classe.
- Scénario25 : Explorer l'expression des gènes.
- Autres -scénarios ( esquisses )

Un schéma pour situer les relations entre outils et quelques concepts centraux

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Liens

Liens pour ce cours
Ressources rassemblées pour ce cours.

Bibliographie

Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2003). Bioinformatics for Dummies . Hoboken, NJ: Wiley.
Campbell, A. M., & Heyer, L. J. (2007). Discovering genomics, proteomics, and bioinformatics: Benjamin Cummings San Francisco. ( on-line )
Attwood, T. K., & Parry-Smith, D. J. (1999). Introduction to bioinformatics: DNA sequence analysi s: Prentice Hall.

Remerciements

Ce séminaire est organisé dans le cadre de la Formation Continue du Post-Obligatoire Genève, avec le soutien du SEM-formation, de TECFA, du groupe SwissProt de l'institut Suisse de Bioinformatique ISB/SIB.

Merci au Pr Strubin, du CMU pour son aide décisive au départ : pour avoir accueilli des élèves, aidé à concevoir lese premiers scénarios, mis en rapport les auteurs et son aide à la recherche de gels, etc

Merci aux élèves - parfois volontaires - pour leur participation à l'élaboration des scénarios

Cours 09-10 : PO 422 - Les nouvelles preuves de l'évolution : y accéder en classe ! .

Description préliminaire : L'évolution sous-tend toute la biologie. Comment accéder aux nouvelles preuves de l'évolution disponibles dans plusieurs domaines de la biologie, comment mettre en évidence et faire découvrir aux élèves le filigrane évolutif dans la plupart des chapitres?
Spécialement orienté vers l'application en classe, et dans le prolongement des cours 08-09 sur l'évolution, ce séminaire sera articulé autour de spécialistes qui ont accepté de discuter comment transposer dans l'enseignement leurs recherches.
Il tentera d'expliciter les implicites évolutifs dans la plupart des domaines de la biologie, les révèlera et discutera sur la base d'exemples concrets comment les faire découvrir aux élèves.
Il explicitera les nouvelles méthodes et preuves de l'évolution que la nouvelle biologie offre dans la plupart des domaines. Les bases des techniques employées (notamment la construction d'arbres phylogénétiques) seront présentées par un-e chercheur-e et les participants pourront se les approprier dans des travaux pratiques. Les liens entre les gènes architectes de différentes espèces seront explorés et les manières d'y accéder en classe seront discutés avec de chercheurs .

Documents présentés durant le cours

Présentations
M.-C.Blatter 19-XI09
M. Milinkovitch
- Nachman, Michael W. (2003) The genetic basis of adaptive melanism in pocket mice
I. Rodriguez 20-XI09
- Ce qu'on sait des phéromones chez l'homme ? Bio-Tremplins 13 I 08
- les souris détectent la maladie à l'odeur... Un docteur dans le nez des souris ? Bio-Tremplins 29V09
Autres mentionnés durant le cours
Sélection de liens Evolution
Des génomes et des protéines

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