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BIST : Divers liens et ressources

Outils spécial-école Merci SwissProt

Programme simplifié pour la structure 3-D Structure browser | Documentation

Programme simplifié pour la comparaison de protéines -> arbre phylogénétique : Philophylo | Documentation

Liens vers des sites d'information sur la bioinformatique

Une sélection des principales adresses en bioinformatique:

 

liens "genomics" de base

UniProt (SwissProt) http://uniprot.org/  Séquences de protéines
MapViewer  http://www.ncbi.nih.gov/mapview/map_search.cgi   Localisation des gènes sur les chromosomes 
EntrezGene http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene  Infos génomiques toutes espèces 
OMIM  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM  Infos Génétique humaine (notamment maladies)
PubMed  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed  Literature references (accède à la base Medline)
BookShelf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books Des ouvrages de haute qualité on-line
HMGD  http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html Human Genome Mutation Database 
PDB  http://www.rcsb.org/pdb/  Protein structures ->3-d
BLAST (NCBI)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ Recherche de similarité de séquences
BLAT (UCSC)
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Recherche de similarité de séquences - orienté genome humain
Genetic Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
Genes and diseases http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd Maladies humaines, mutations, et infos générales.
Phylodendron http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
ClustalW @swissprot ClustalW chez Swissprot Produit des alignements multiples
Palindrome search http://bioinfo.cs.technion.ac.il/projects/Engel-Freund/new.html Outil qui permet de détecter les séquences palindromiques:
Bioinformatics @ NIH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html Bonne présentation en anglais A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources
Digital world Biology http://digitalworldbiology.com/dwb/Home.html Veut aider à mieux utiliser les ooutils BIST : Notamment
Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc

liens "genomics" supplémentaires

Entrez http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html Carte de tous les portails qu'offre le NIH
Entrez protein: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein Moteur de recherche orienté protéines
Entrez nucleotide: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide Moteur de recherche orienté nucléotides
RefSeq http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/ Séquences ADN et protéines
DOI http://www.doi.org/ Retrouver un article depuis son numéro DOI System is for identifying content objects in the digital environment.
DOI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ressources taxonomiques du NCBI notamment Taxonomy Common Tree permet de faire un arbre commun a une liste d'espces
PDB Molecule of the Month http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/index.html Sélection de molécules avec structure 3-d de PDB
Nature Omics Gateway http://www.nature.com/omics/organisms/index.html Portail accédant aux articles sur les génomes
Mammoth genome project http://mammoth.psu.edu/ Accès au Génome du mammouth et Blast
Nature News http://www.nature.com/news/ Nouvelles de la science @ Nature
Nature web focus Human Genomics http://www.nature.com/nature/focus/humangenome/index.html Nature ... the complete and comprehensive DNA sequence of the human genome as a freely available resource.
MedlinePlus http://medlineplus.gov/ brings together authoritative information. MedlinePlus also has extensive information about drugs, an illustrated medical encyclopedia, interactive patient tutorials, and latest health news.
The Human Metabolome Project http://www.metabolomics.ca/ Metabolomics involves rapid, high throughput characterization of many of the small molecule metabolites found in an organism.
Phylodendron http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
ALFRED ALlele FREquency Database http://alfred.med.yale.edu/alfred/index.asp Banque de données des fréquences des allèles dans la population humaine
dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ Banque de données qui répertorie tous les polymorphismes humains (associés à une maladie ou non)
Genomesize http://www.genomesize.com/statistics.php La taille des génomes de nombreux organismes
Rebase http://rebase.neb.com/rebase/ Données sur les enzymes de restriction, notamment les séquences reconnues
1 lettre -> code 3 Sélection d'outils à l'uni Alberta.| One-to-three | Three-to-one
Tableau des Abbrév acides aminés à une lettre/ 3lettres
Convertisseur code lettres des acides aminés
Traduction d'une séquence nucléotidique en protéine http://www.expasy.org/tools/dna.html Traduction d'une séquence nucléotidique en protéine
Convertisseur de format des séquences http://www.infobiogen.fr/services/analyseq/cgi-bin/readseq_in.pl
Obtenir un alignement multiple (clustal w) ClustalW chez Swissprot
Phylogenetic tree printer Phylodendron Obtenir un dendrogramme à partir des données clustalW
Génomes complets de bactéries http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/Complete.html
Génomes de virus http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VIRUSES/viruses.html
Génomes des eukaryotes http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/euk_g.html
La taille des gŽnomes de nombreux organismes http://www.genomesize.com/statistics.php Validité et actualité encore pas confirmée
Sélection liens "Analyse de séquences" INRA http://www.montpellier.inra.fr/biochimie/td/analyses_sequences/analyses_sequences.html

liens "Zoologie"

Gbif http://www.gbif.org/ Global Biodiversity Information Facility (GBIF) : Offrir un libre accès aux données scientifiques primaires concernant la biodiversité
Fauna Europaea http://www.faunaeur.org/ Projet européen : rassembler tous les noms et les distributions des organismes multicellulaires. Librement accessible.
ToL (Tree of Life) http://tolweb.org/tree/ The Tree of Life Web Project (ToL) is a collaborative effort of biologists from around the world.
UniProt Taxonomy
(ex- NEWT)
http://www.uniprot.org/taxonomy/ Informations taxonomiques pour les séquences UniProt (meme référence que NCBI
Encyclopedia of life http://www.eol.org/ Encycloepdia of life : photos, taxo, et parrticipation des élèves et étudiants à u projet global
CSCF http://lepus.unine.ch/carto/ Centre Suisse de Cartographie de la Faune
Animal Diversity Web (ADW) http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/index.html Online database of animal natural history, distribution, classification, and conservation biology at the University of Michigan.
NCBI Taxonomy browser http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi Database attempts to incorporate phylogenetic and taxonomic knowledge from a variety of sources, including the published literature, web-based databases, and the advice of sequence submitters and outside taxonomy experts.
INVABIO Metz http://www.invabio.univ-metz.fr/envahisseurs2.htm Liste avec fiche par espèce des invasions biologiques. Uni de Metz
Nom latin <-> Fr Table des noms Mammifères table de correspondance entre les noms latins et français de mammifères courants.
Dictionnaire an-fr :

Freedict

Embryology.ch http://www.embryology.ch/ Cours d'embryologie en ligne à l'usage des étudiants et étudiantes en médecine
GLOBE http://www.globe-swiss.ch/fr/ Données écologie des eaux mises en réseau. Accès carto état des eaux en suisse

liens "Botanique"

Gbif http://www.gbif.org/ Global Biodiversity Information Facility (GBIF) : Offrir un libre accès aux données scientifiques primaires concernant la biodiversité
ToL http://tolweb.org/tree/ The Tree of Life Web Project (ToL) is a collaborative effort of biologists from around the world.
UniProt Taxonomy (ex- NEWT) http://beta.uniprot.org/taxonomy/ Informations taxonomiques
CRSF http://www.ville-ge.ch/cjb/rsf/fra/database.htm Centre du Réseau Suisse de Floristique (CRSF)
NCBI Taxonomy browser http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi The NCBI taxonomy database attempts to incorporate phylogenetic and taxonomic knowledge from a variety of sources, including the published literature, web-based databases, and the advice of sequence submitters and outside taxonomy experts.
Botanik.ch http://www.botanik.ch/ portail poour la botanique suisse (de)
Sophy http://junon.u-3mrs.fr/msc41www/ Phytotypes pour chaque plante de France
Swiss Web Flora http://www.wsl.ch/land/products/webflora/floramodul1-fr.html Cartes de distribution des espèces végétales suisses
Schweizer flora arten http://tecfa.unige.ch/perso/maltt/dethure7/SchweizerFloraArten.php Indices écologiques de Landolt
U-Basel Botanical image database http://pages.unibas.ch/botimage/ Base de données prhotographique des plante suisses
CJB http://www.ville-ge.ch/cjb/ Jardin Botanique Genève
Tela Botanica http://www.tela-botanica.org/ Le réseau de la botanique francophone
Belles fleurs de France http://erick.dronnet.free.fr/belles_fleurs_de_france/accueil.htm Belles fleurs de France - avec bonnes photos, à  rechercher par noms latins ou familles ou noms français
Flora of Europe http://utopia.knoware.nl/users/aart/flora/ En anglais, avec photos (un peu maigres en pixels) classées par familles
L'herbier virtuel http://www.planete.org/herbier/ L'herbier virtuel, fleurs toxiques classées par nom latin. familles, noms français. Description des propriétéss médicinales et/ou de la toxicité de chaque espèce.
Photoflora http://photoflora.free.fr/ De belles photos de fleurs à  rechercher par famille, nom latin, etc.
Nom latin <-> Fr Plantes
Dictionnaire an-fr Freedict
Bioinfornatics@school bioinfornatics@school (NL)

Liens Divers- notamment matériel didactique

Allen-Brain-Atlas Interactive, genome-wide image database of gene expression in the mouse brain
Whole Brain Atlas http://www.med.harvard.edu/AANLIB/cases/caseNA/pb9.htm
Visible human Les images des coupes d'un millimètre du corps d'un condanné à mort américain qui a donné son corps à la science...
Decastro-blog Ed's meme archive
Secret life of the brain Anatomie-3-d, techniques imagerie, développement, illusions, ...
JCB DataViewer JCB DataViewer is a browser-based application for viewing original image files ...
DNA Program Kit : labos pour le secondaire http://www.genome.gov/DNADay/DNA_Programming_Kit_Manual.pdf
Biodidac banques d'images -éducatives classique
Your genes, your health un guide multimédia de quinze maladies dont l’origine est un défaut génétique.
Learning Materials in the Biology MERLOT Biology . we share:
* Teaching Tips
* Our Community of Educators
* Resources Outside MERLOT
* Learning Materials
* Our Feature of the Month
Edumed Selection de liens de la fac de médecine pour les étudiants
MedlinePlus "Trusted health information for you" du NIH
DNALC

Dolan Learning Center

une unité du Cold Spring Harbor Laboratory dont le but est de promouvoir la formation publique aux sciences génétiques (biologie moléculaire, biochimie, génétique humaine). A cette fin, des sources d’apprentissage interactives et extrêmement riches sont proposées sur leur site web.
Learne Genetics @ University Utah learning center _: nombreux cours e-learning http://learn.genetics.utah.edu/
  • TOUR THE BASIC
  • DNA TO PROTEIN
  • HEREDITY & TRAITS
  • AMAZING CELLS
Ce que la bioinfo a apporté la biologie : discussion what-has-bioinformatics-ever-done-for-us/
Life Sci Ed

Cell Bio Education Resources for Educators

Collected Features: Approaches to Biology teaching and Learning, Video Views and Reviews, WWW.Life Sciences Education, From the National Academies, Book Reviews, Current Insights Additional resources are available at the American Society for Cell Biology's BioEDUCATE (http://bioeducate.ascb.org) and Image & Video Library (http://cellimages.ascb.org) websites.
Greenomes Expériences de labo et de bioinformatique pour introduire la recherche en genetique des plantes et des génomes.
ProLune Protéines à la Une est une publication électronique de vulgarisation scientifique du groupe Swiss-Prot de l'Institut Suisse de Bioinformatique dédiée aux protéines qui font parler d'elles dans l'actualité.
Bioinfo-Educ Des génomes et des protéines : activités éducatives en bioinfoirmatique destinées aux collégiens
BioActu Actualités biologiques (CNRS surtout) Semble pas mis à jour depuis IV / 2006
HHMI Walker Group Animations de l'expression es gènes et de leur régulation (operon Lac)
Genome/
Nature-ca
Site vraiment sympa et recèle de jeux animations sur la génétique, mutations, clonage, transmission gènes, etc assez marrantes. basique mais ludique.
SciTable
@ Nature-education
A free science library and personal learning tool Scitable currently concentrates on genetics
Cité des sciences Animation sur l'empreinte (à chacun son code barre) où ils comptent les répétitions des séquences de nucléotides.
Site d'un prof de bio canadien :G.Bourbonnais Un peu difficile niveau structure, ça part un peu dans tous les sens, mais y a pleins d'infos, liens, etc.
Edumedia nombreuses animations assez didactiques. les versions gratuites sont utilisables mais font la promotion des payantes .
ac.il Large répertoire d'animations biol-moléculaire
ASCB : American Society for Cell Biology
  • Répertorie de très nombreuses animations cellule, mitose, etc .
  • Bioinfo-taster In this "taster" session we are going to look at some of the bioinformatics resources on the Internet for research and teaching. Listed below are the WWW sites you will be using, along with some others that may be of interest.
    The NCBI Handbook The NCBI Handbook is focused on the relatively stable information about each resource : 1. The Databases
    2. Data Flow and Processing
    3. Querying and Linking the Data
    4. User Support
    Glossary
    Virtual classroom Biology @ Raboud Documentation et illustrations Meiose
    EBI Resources for Schools Activités et usages ludiques de la bioinfo. Notamment le traducteur de non en ADN qui vous nomme TTCAGAGCCAACTGCNNNATCAGCCTGNNNATGGACGCCAGAGAC et vous signale qu'il y a une protéine similaire !
    DeCODE http://www.ebi.ac.uk/training/schools/decode/
    Anthropo unige L'ADN mitochondrial des collégiens analysé et comparé
    HIV Problem Space Donnees pour des exercices de type problem-based (contains data from a published study by Markham et al on HIV evolution within individual patients.)
    Video educatives cite des sciences videos biologie notammnent : A chacun son code barre, Classer les chromosomes
    Onemicron

    Videos

    videos éducatives de processus biologique et biochimique au niveau micrométrique ( folding d'une protéine, formation de lipides a biotiques etc
    Video educatives Harvard edu videos biologie notammnent : Inner life et extravasation
    Biologie-en-flash Animations simples, élégantes, de phénomènes classiques de la biolgie
    ImageBank freely available images contributed by academics, researchers, Learned Societies, industry and individuals with rights cleared for educational purposes.
    Phylogène Phylogène est un logiciel destiné à l'enseignement de l'évolution et de la classification des êtres vivants: fonctionnalités (observer, comparer, construire, grouper, classer, tracer un arbre) qui permettent de travailler sur des données morphologiques, anatomiques et moléculaires.
    Genographic Project National Geographic propose de se faire tester l'ADN pour connaitre son origine, son lignage sur des milliers d'ann?es
    Interactive Features. Chidren's hospital Boston De nombreuses animations réellement interactives sur The Neuron How Cancer Grows and Spreads Virtual stem cell laboratory Tensegrity in a cell Make a Micrograph Introduction to proteomics Egg Analogy Virtual tour of the proteomics laboratory
    NLM style guide for authors, editors, and publishers Comment citer en médecine
    GenExpert Banque de donnee des expert(e)s en recherche génétique (genExpert):Forum Recherche génétique intervient pour proposer au public et aux instances administratives qui en auraient besoin des interlocuteurs parmi les expert(e)s reconnu(e)s.
    Impact factor et nombre de citations d'un article 1) le Impact Factor d'un journal: http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=JCR&Func=Frame
    2) le nombre de fois qu'un article a été mentionné: (sélectionner "Cited Ref Search" et indiquer le nom de l'auteur; ) http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame
    Permet de situer l'importance d'un article

    Sélection parmi les différentes banques de données et portails

    Portails

    Software à downloader :

    Doc de présentation du cours :

    Autres liens

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