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Il existe deux sortes de spirulines: la spirulina maxima et la spirulina platensis. Toutes deux ont des origines différentes et ont été découvertes dans deux endroits très particuliers du globe. La première espèce: Spirulina maxima est originaire du Mexique et était consommée par les Aztèques du lac Texoco avant la conquête espagnole. Les algues étaient récoltées à la surface du lac, séchées au soleil, puis cuites et consommées sous le nom de Tecuitlatl.

Depuis 1968, elles sont cultivées près de Mexico dans des bassins semi-naturels d'évaporation de la société Sosa Texoco et sur  des milieux synthétiques en Thaïlande et au Japon où deux firmes les ont commercialisées, ainsi qu'aux États-Unis.
La deuxième espèce se nomme Spirulina platensis. Il s'agit aussi d'une espèce sauvage qui a été découverte en 1964 par les membres d'une expédition scientifique basés au Tchad. Ces derniers ont en effet constaté que les Kanembous du sud Kanem écumaient la surface des mares aux environs du lac Tchad, mares riches en carbonates de sodium, à la recherche de la fameuse Spirulina platensis. Ces deux espèces, bien que différentes quant à leur forme et à leur origine ont tout de même de nombreux aspects en commun et ont été reconnues pour leur qualités nutritionnelles, leur haute résistance aux microbes et encore bien d'autres vertus thérapeutiques.

  En 1970, un rapport du Dr Hiroshi Nakamura, président du comité de développement de la spiruline au japon, indiquait toutes les caractéristiques de cette algue. Ce rapport fut publié en1978 dans l'excellent ouvrage Food from Sunlight du Dr Christopher Hills, dans lequel sont également relatées les expériences faites sur les chlorella et scenedesmus ( deux autres sortes d'algues bleues). Ce livre donnait également des indications de culture, celles-ci ne demandant que de l'eau, le germe de culture et certaines formes d'engrais. Il proposait également des envois de souches de culture de spirulina et chlorella avec méthode, aux personnes intéressées. Par ailleurs, les produits de vente du livre ont servi à financer des projets d'aide alimentaire aux pays défavorisés.

Il y a environ une trentaine d'années, des personnalités et institutions dont l'institut Carnégie et l'Université de Stanford entreprirent des recherches afin de savoir si dans le futur l'algue pourrait être utilisée comme nourriture. Des années auparavant, pendant la guerre, le gouvernement japonais avait entrepris de semblables recherches pour nourrir son peuple souffrant du blocus américain.

Toutes ces recherches vinrent au domaine public quand les responsables du programme spatial russe invitèrent le Dr Nakamura à étudier un système de production alimentaire pour une station lunaire que la NASA (organisme américain de recherches spatiales) rechercha une nourriture spatiale pour les astronautes.

Le Conseil Supérieur d'Hygiène Publique en France a donné, en 1984, un avis favorable pour la consommation humaine de toutes les algues spirulines.
Depuis, les recherches ont beaucoup évolués et on a trouvé de nombreuses applications possibles de la spiruline, notamment dans le domaine médical.