BIST17 : analyse des protéines exprimées dans un tissu donné

Objectif :

Prendre conscience de l'étendue des différences d'expression des gènes : les protéines présentes sont très différentes entre 2 tissus d'un même organisme -donc du même génome.

Déterminer quelques unes de protéines exprimées différentiellement entre un tissu sain et malade.

Les chercheurs ont voulu comparer les protéines exprimées chez les lymphocytes normaux et les lymphocytes cancéreux (lymphoma) ‘

BUT:

Essayer d’identifier le(s) protéine(s) qui sont exprimées de façon différentielle, retrouver leurs séquences

- Identifiez les protéines ‘différentes’ (exprimées de façon différentielles entre les lymphocytes normaux et le lymphoma

• Rendez vous sur le site qui conservent tous les gels ‘masters’ de référence d’électrophorèse bidimensionelle: http://www.expasy.org/swiss-2dpage/viewer
  
• Cliquez sur le gel master ‘LYMPHOCYTE_HUMAN’ (N.B: l'image est sous le titre)
• Ouvrez une seconde fenêtre avec le gel master ‘LYMPHOMA_HUMAN’
• Repérez les principaux spots sur les 2 gels master. Attention, l’échelle des poids moléculaire n’est pas la même pour les 2 gels !
• Lorsque vous cliquez sur un spot, un pop-up bleu apparaît
• Cliquez sur un spot qui ne semble présent que sur un des 2 gels. par exemple à droite au milieu on voit une série de spots surexprimés dans le lymphome. (entourés dans l'image ci-contre)
• Exemple : choisir l'un de ces spots correspondant à G3P

• Il y a plusieurs spots car il y a plusieurs isoformes (selon les sucres ajoutés au polypeptide)
  

• Solution
• Cliquez sur le spot pour voir les infos dans la banques de données Swiss-Prot sur cette protéine
• Beaucoup plus bas dans la page : Cliquez sur le lien depuis: ‘Extracted from UniProtKB/Swiss-Prot, release: 51.10
• Entry name G3P_HUMAN : cliquer Primary accession number P04406
• le lien [comments] en haut de la page mène directement aux infos les plus utiles pour nous.
• On voit qu'il s’agit d’une enzyme impliquée dans le métabolisme du sucre
• Toooouuut en bas de la page on trouve la séquence
• On voit aussi que le poids moléculaire est similaire entre le calcul à partir des acides aminés et celui déteminé à partir du gel.

On peut imaginer que les cellules cancéreuses expriment plus de cette enzyme parce qu'elles ont un métabolisme très actif.

Remarque : Aux biologistes de laboratoire de comprendre maintenant pourquoi cette protéine est exprimée de façon différencielles dans les lymphocytes normaux et les lymphocytes cancéreux. Les informations contenues dans les banques de données ont permis de cibler les recherches des biologistes

Autres scénarios possibles

• Toujours à partir de la page : http://www.expasy.org/swiss-2dpage/viewer
• Comparer les protéines présentes dans le plasma et celles présentes dans le liquide céphalorachidien (CSF human)
• Comparer les protéines présentes dans le foie humain et celles présentes dans une lignée de cellules cancéreuses du foie humain (HepG2)

Quelques liens :

• SWISS-2DPAGE
• Présentation J.-C. Sanchez
• Introduction techniques 2-d gels