Re: Folding@home


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Posted by Roger Leduc on November 26, 19101 at 03:19:19:

In Reply to: Folding@home posted by Roger Leduc on November 26, 19101 at 03:17:29:

Folding@Home vous connaissez ???

C'est le projet de calcul distribué le plus important sur le net (recherches sur le pliage des protéines pour ensuite créer les thérapeutiques de demain).
L'université de Stanford est investigatrice de ce projet libre, toutes les universités et scientifiques du monde entier ont accès aux résultats.

Qu'est-ce que le projet folding@home?

Je vais essayer de le résumer en quelques mots. Tous d'abord il convient de savoir qu'il s'agit d'un projet très prometteur, axé sur un problème de fond qui est la connaissance des formes 3d que prennent les protéines dans la cellule. Si aujourd'hui on a presque déchiffré l'ADN, la forme (conformation) que prennent les protéines est encore complètement inconnue, à cause de la complexité de ce phénomène. Ce projet simule ces repliements (en effet on dit qu'une protéine se plie sur elle même : de son repliement dépend son action. S'il y a un défaut de repliement, la protéine est inactive d'ou maladie.

Un exemple marquant de l'utilité du projet :

Prenons une maladie génétique X. La génétique nous informe que c'est un gène Y qui est impliqué. On peut avoir la séquence en acide aminé de la protéine, mais rien ne permet de décrire son repliement final. On se retrouve avec une protéine inconnue qui engendre la maladie. Sans la connaissance de la forme de la protéine et donc de son utilité dans la cellule, il n'y a aucune cible thérapeutique possible.
Ceci est une limite MAJEURE dans nombre de maladies génétiques.

Quelles sont les maladies tenues en compte par le projet :

Plutôt que d'étudier des protéines quelconques, folding "plie" des protéines qui sont suspectées d'être impliquées dans des maladies.
A été ainsi étudiée une protéine qui serait une voie d'entrée pour le HIV dans les leucocytes, et des protéines impliquées dans l'alzheimer, cancer...

Folding, un projet sérieux!

oui, le projet est sans conteste le plus "clean" possible. les résultats trouvés sont tous disponibles sous al forme de simulation en *.mpg, graphique, cristallographie...
de plus, et c ce qui prouve en fait réellement le sérieux du projet, l'équipe de chercheur de folding publie régulièrement des articles dans la littérature scientifique (pas science et vie non...plutôt du style tell, journal of molecular biology-JMB-...)

un article va d'ailleurs bientôt sortir dans JMB qui est une grande revue, d'autres sont d'ores et déjà téléchargeables, depuis leur site :

http://foldingathome.stanford.edu/papers/rates.pdf

http://www.stanford.edu/group/pandegroup/Cosm/BHvijay.pdf

Le prochain papier qui va paraître bientôt s'annonce de l'avis de tous extrêmement intéressant.

Vous voulez essayer le projet?
je reste disponible pour toutes questions, sur l'install, le but du projet, les moyens mis en oeuvres etc.

misterv




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