Selon un raisonnement hypothéco-déductif, l'élève pour acquérir une connaissance doit poser une hypothèse, mettre en place une expérience et interprèter les résultats obtenus. Ce type de raisonnement et du cheminement qui en découle n'est pas naturel chez l'élève. La simulation (expérience) doit être encadrée et doit recevoir une aide métacognitive, c'est à dire qu'il doit apprendre à réguler et à être critique par rapport à son parcours cognitif. La métacognition est en fait l'analyse et l'évaluation de sa propre cognition.
Pour effecter une critique et une correction métacognitive d'une méthodologie de simulation, il peut s'avérer utile de s'appuyer sur des aides métacognitives.

Le raisonnement hypothético-déductif peut parfois mener l'apprenant à changer ses pré-représentations. Une personne qui pense que le soleil tourne autour de la terre voit l'arriver du premier astronaute sur mars en direct à la télévision et constate que le soleil tourne aussi autour de mars. Le raisonnement déductif qu'il va faire à partir de cette constatation va lui faire prendre conscience que le soleil ne peut pas tourner en même temps autour de mars et de la terre et en arrive à la conclussion que c'est plutôt les deux planètes qui tournent autour du soleil. Ainsi par son raisonnement hypothético-déductif l'apprenant modifie ses représentations.

Ces deux concepts sont très liés. En effet la découverte guidée est une conduite de l'apprenant vers la solution sans lui donner. Ainsi, si, lors d'un raisonnement hypothético-déductif, on l'oriente dans son choix d'hypothèses et dans sa déduction de conclusion nous sommes en présence d'une découverte guidée. Le raisonnement hypothético-déductif est donc une méthode de découverte guidée

Ce lien pose la question de savoir si le concept représenté correspond au concept d'origine étant donné qu'il est nécessaire de transposer tout savoir pour le rendre enseignable. La transposition implique souvent une simplification de la matière. Cette simplification ne doit pas interférer avec la valité épistimique (qui correspond à la vision des experts du domaine) de cette connaissance. L'utilisation de l'informatique rajoute encore une contrainte lors de la transposition didactique puisqu'elle nécessite encore une traduction supplémentaire de la matière.

La stratétégie de demander à l'élève de découvrir et de construire par lui-même un savoir nécessite une grande simplification et modification du savoir "savant" pour pouvoir être traitée de cette manière. Cette simplification est faite lors de la transposition didactique.

La découverte guidée et la modélisation son deux méthodes très proches. En effet dans les deux approches, c'est l'élève qui construit son savoir grâce, pour l'une, à un cadre de conduite et pour l'autre, grâce à sa propre exploration.