Au mois de mai 1889, il retourne de son plein gré à l'asile de Saint-Paul de Mausole. Théo lui paye deux chambres dont l'une, lui servant d'atelier, donne sur le jardin. Il peint et dessine avec intensité mais est souvent interrompu à cause de ses crises que les médecins qualifient d'épileptiques. Les médecins l'autorisent à peindre dehors même en dehors des murs de l'asile sous la surveillance d'on infirmier. Ce sont les arbres qui l'intéressent à cette époque: il peint surtout des paysages et s'intéresse au modèle du cyprès et de l'olivier mais ne renonce pas aux personnages. On assiste à Saint-Rémy à un déplacement de la couleur à la forme, la première restant fondamentale. Toute la force qu'il mettait dans la couleur se déplace vers la forme, traduisant toujours une même intensité.

"Prendre une étoile pour aller vers la mort"
 

A cette époque, il peint notammentla nuit étoilée où l'on voit justement apparaître un cyprès, qui,contrairement à l'olivier, est un arbre représentant le départ, la montée vers le haut.  Vincent, à ce moment de sa vie, a un regard beaucoup plus dirigé vers le ciel que vers la terre. Il est dans une période de grandes intérrogations: entre ciel et terre.

Son état s'améliore jusqu'à la crise suivant, en mars, au cours de laquelle il tente de s'empoisonner en avalant des couleurs. Dans ses lettres, il exprime à Théo le souhait de revenir dans le nord.
C'est à cette période qu'il obtient les premières reconnaissances de son oeuvre. Il est invité à Bruxelles à l'exposition XX où il enverra six tableaux en janvier 1890. Quelques oeuvres figureront par la suite au salon des Indépendants à Paris.
La première critique favorable paraît dans le Mercure de France.

Vincent écrit à son frère qu'il ne sait jamais senti aussi calme. Théo se marie. Au lieu de le réjouir, cela l'inquiète, mais c'est un sentiment passager. Le 31 janvier, le fils de Théo va naître et sera baptisé du nom de Vincent, son oncle et parrain. Ce dernier est émerveillé. En février, Vincent peint les branches fleuries d'amandier, où il exprime son émerveillement. Il le dédie à son fileuil. Ce tableau est complètement différent par son style. Quand il est heureux et que le soleil est présent, Vincent est capable de tout.

En mai, il rend visite à son frère et à sa famille à Paris. Il y voit une centaine de ses tableaux non vendus, accumulés dans un endroit.Profondément décu, il s'installe dans la région, à Auvers-sur-Oise où il espère trouver le calme propice au travail.

Logeant à l'hôtel, il est suivi par le docteur Paul-Ferdinand Gachet, amateur de peinture, ami de plusieurs impressionnistes. Il admire l'art de Vincent et devient son ami. A cette époque, il mène une vie parfaitement réglée: il écrit, dort et peint presque une toile par jour.  En tout, quelques 80 paysages et portraits seront peints durant ces quelques mois, dont l'Eglise d'Auvers.

Après une dernière visite en juillet à son frère à Paris, il se met à peindre des grandes toiles représentant des champs sous un ciel orageux, dont le champs de blé aux corbeaux . Dans ce dernier, on sent la mort proche, l'atmosphère est lourde.  La croisée des deux chemins représente comme un choix : vivre ou mourir.

Le 27 juillet 1890,dans les champs, il se tire une balle de revolver dans la poitrine. N’étant que blessé, il arrive à se traîner jusqu’à sa chambre où le docteur Gachet le soigne et informe Théo. Il restera conscient et sans se plaindre jusqu'au soir du 29 juillet, jour de sa mort. Théo, qui l'a assisté dans son agonie, tombe gravement malade et meurt le 25 janvier 1891 à Utrecht. En 1914, ses cendres sont inhumées à Auvers, à côté de celle de Vincent.