Scénario 2 : d'un gel de séquence (ADN) à la protéine

Objectif : à partir d'un gel d'électrophorèse de séquençage d'un morceau de séquence d'ADN, identifier le gène, accéder aux infos le concernant.

Principe :
Un gel de séquence (gène de l'Insuline) -> séquence en acides nucléiques ->BLAST --> séquence ARN m -> nom de la prot. -> description de la prot (Medline) variante : -> séquence protéique

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• Voici à droite une image représentant un gel de séquençage (méthode Sanger) (cliquer pour agrandir)

• On devrait trouver : CAGAAGAGGCCATCAAGCACATCACTGTCCTT

2° Comparer cette séquence à toutes les séquences d'ADN humain pour trouver le gène correspondant

• Au NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
• Rechercher si votre séquence correspond à une séquence en acides nucléiques humaines déjà connue : ( Nucleotide- BLAST )

• 

• Toujours dans la liste des résultats de Blast, sur la première ligne NM_00207.2
• Ouvrir cette entrée sur Entrez Gene (via "G ") Solution
  cf Glossaire pour ces symboles

Entrez Gene est une banque de données qui donne des informations sur les gènes humains (et d'autres espèces), leur localisation sur le génome et des informations sur leurs fonctions.

• On y trouve la "liste" ; ici d'une seule séquence :
  • GeneID 3630
  • Org Hs (Homo sapiens)
  • Symbol INS ( le nom officiel de ce gène abrégé)
  • Description insulin
  • Position 11p15.5 (Chromosome 11 position 15.5 (en fonction des bandes d'eu/hétéro-chromatine) )
  • cf Glossaire pour tous ces symboles

Nous savons donc que le gène est INS, que c'est l'insulin en anglais donc l'insuline.

4° En savoir encore plus sur le gène identifié

• Cliquer le noms du gène INS
• On arrive dans Entrez Gene INS3630 Notez le logo
• Cliquer MIM: 176730 qui accède à la base OMIM : Notez le logo
  • On obtient beaucoup d'infos sur le gène (trop !) Solution

5° Trouver les séquences a.a. et nucléotides de cette protéine.

• Depuis l'entrée Entrez Gene 3630

Trouver la séquence complète en acides nucléiques

Convertisseur code 1 lettre -> code 3 lettres des acides aminés : One -to-Three | Three to One
Tableau des Abbrév acides aminés à une lettre/ 3lettres

• Cliquer à gauche du schéma sur le numéro de la séquence : NM_000207.2
• C'est une entrée N_*M*__ donc _*m*_RNA (cDNA),
• Cliquer pour un menu locla et il faut choisir le format FASTA
• Solution : la séquence de nucléotides en FASTSA
• C'est en fait un cDNA du mRNA. On le voit parce que dans l'en-tête de FASTA il y a
  >gi|4557670|ref|NM_000207.2| Homo sapiens insulin (INS), mRNA.
  

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Compléments

• DeCODE : convertir son nom en séquence d'ADN et retrouver un gène proche
• Exemple d'écran d'une machine automatisée à sequencer (Licor) -> gène ERCC5 séquence ici
• Exemple de ce scénario réalisé en classe
• Le scénario 6 qui explore la spécificité des séquences et donc du Blast fait un bon complément.
• Le scénario 7 (traduction nucléotides -> protéine) peut être utilisé après celui-ci .
• Les gels sont souvent données au format ab1 soit la sortie directe du séquenceur (exemples ici : cystic fibrosis, thalassemie, deficit 21-OH ) logiciel de visualisation Editview pour visaliser les fichiers .ab1 des sequencers PerkinElmer Mac PC
• Cf aussi le dossier ressources

Dernière révision novembre 2009. Au rythme où les choses changent, il faut s'attendre à ce que certains liens ne fonctionnent plus ou que l'apparence voire la structure de certains sites aitent changé d'apparence. Le lecteur saura adapter.

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Liens :

• Sélection de liens BIST

 

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