Outils spécial-école Merci SwissProt Programme simplifié pour la structure 3-D Structure browser | Documentation Programme simplifié pour la comparaison de protéines -> arbre phylogénétique : Philophylo | Documentation |
Liens vers des sites d'information sur la bioinformatique
Une sélection des principales adresses en bioinformatique:
liens "genomics" de base |
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UniProt (SwissProt) | http://uniprot.org/ | Séquences de protéines |
GDV genome Data viewer (Ex MapViewer) | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ | Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des sequences codantes ou non |
OMIM | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM | Infos Génétique humaine (notamment maladies) |
PubMed | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed | Literature references (accède à la base Medline) |
BookShelf | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books | Des ouvrages de haute qualité on-line |
HMGD | http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html | Human Genome Mutation Database |
PDB | http://www.rcsb.org/pdb/ | Protein structures ->3-d |
BLAST (NCBI)
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ | Recherche de similarité de séquences |
BLAT (UCSC)
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http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start | Recherche de similarité de séquences - orienté genome humain |
Genetic Home Reference | http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ | Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques |
Genes and diseases | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd | Maladies humaines, mutations, et infos générales. |
Phylodendron | http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html | Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes |
ClustalW @swissprot | ClustalW chez Swissprot | Produit des alignements multiples |
Palindrome search | http://bioinfo.cs.technion.ac.il/projects/Engel-Freund/new.html | Outil qui permet de détecter les séquences palindromiques: |
Bioinformatics @ NIH | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html | Bonne présentation en anglais A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources |
Digital world Biology | http://digitalworldbiology.com/dwb/Home.html | Veut aider à mieux utiliser les ooutils BIST : Notamment Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc |
liens "genomics" supplémentaires |
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Entrez | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html | Carte de tous les portails qu'offre le NIH |
Entrez protein: | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein | Moteur de recherche orienté protéines |
Entrez nucleotide: | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=nucleotide | Moteur de recherche orienté nucléotides |
RefSeq | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/ | Séquences ADN et protéines |
DOI | http://www.doi.org/ | Retrouver un article depuis son numéro DOI System is for identifying content objects in the digital environment. |
Taxonomy guide @ NIH | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ | ressources taxonomiques du NCBI notamment Taxonomy Common Tree permet de faire un arbre commun a une liste d'espces |
PDB Molecule of the Month | http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/index.html | Sélection de molécules avec structure 3-d de PDB |
Nature Omics Gateway | http://www.nature.com/omics/organisms/index.html | Portail accédant aux articles sur les génomes |
Mammoth genome project | http://mammoth.psu.edu/ | Accès au Génome du mammouth et Blast |
Nature News | http://www.nature.com/news/ | Nouvelles de la science @ Nature |
Nature web focus Human Genomics | http://www.nature.com/nature/focus/humangenome/index.html | Nature ... the complete and comprehensive DNA sequence of the human genome as a freely available resource. |
MedlinePlus | http://medlineplus.gov/ | brings together authoritative information. MedlinePlus also has extensive information about drugs, an illustrated medical encyclopedia, interactive patient tutorials, and latest health news. |
The Human Metabolome Project | http://www.metabolomics.ca/ | Metabolomics involves rapid, high throughput characterization of many of the small molecule metabolites found in an organism. |
Phylodendron | http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html | Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes |
ALFRED ALlele FREquency Database | http://alfred.med.yale.edu/alfred/index.asp | Banque de données des fréquences des allèles dans la population humaine |
dbSNP | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ | Banque de données qui répertorie tous les polymorphismes humains (associés à une maladie ou non) |
Genomesize | http://www.genomesize.com/statistics.php | La taille des génomes de nombreux organismes |
Rebase | http://rebase.neb.com/rebase/ | Données sur les enzymes de restriction, notamment les séquences reconnues |
1 lettre -> code 3 | Sélection d'outils à l'uni Alberta.| One-to-three | Three-to-one Tableau des Abbrév acides aminés à une lettre/ 3lettres |
Convertisseur code lettres des acides aminés |
Traduction d'une séquence nucléotidique en protéine | http://www.expasy.org/tools/dna.html | Traduction d'une séquence nucléotidique en protéine |
Obtenir un alignement multiple (clustal w) | ClustalW chez Swissprot | |
Phylogenetic tree printer | Phylodendron | Obtenir un dendrogramme à partir des données clustalW |
Génomes complets de bactéries | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/Complete.html | |
Génomes de virus | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VIRUSES/viruses.html | |
Génomes des eukaryotes | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/euk_g.html |
liens "Zoologie" |
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Gbif | http://www.gbif.org/ | Global Biodiversity Information Facility (GBIF) : Offrir un libre accès aux données scientifiques primaires concernant la biodiversité |
Fauna Europaea | http://www.faunaeur.org/ | Projet européen : rassembler tous les noms et les distributions des organismes multicellulaires. Librement accessible. |
ToL (Tree of Life) | http://tolweb.org/tree/ | The Tree of Life Web Project (ToL) is a collaborative effort of biologists from around the world. |
UniProt Taxonomy (ex- NEWT) |
http://www.uniprot.org/taxonomy/ | Informations taxonomiques pour les séquences UniProt (meme référence que NCBI |
Encyclopedia of life | http://www.eol.org/ | Encycloepdia of life : photos, taxo, et parrticipation des élèves et étudiants à u projet global |
CSCF | http://lepus.unine.ch/carto/ | Centre Suisse de Cartographie de la Faune |
Animal Diversity Web (ADW) | http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/index.html | Online database of animal natural history, distribution, classification, and conservation biology at the University of Michigan. |
NCBI Taxonomy browser | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi | Database attempts to incorporate phylogenetic and taxonomic knowledge from a variety of sources, including the published literature, web-based databases, and the advice of sequence submitters and outside taxonomy experts. |
INVABIO Metz | http://www.invabio.univ-metz.fr/envahisseurs2.htm | Liste avec fiche par espèce des invasions biologiques. Uni de Metz |
Nom latin <-> Fr | Table des noms Mammifères | table de correspondance entre les noms latins et français de mammifères courants. |
Dictionnaire an-fr : | ||
Embryology.ch | http://www.embryology.ch/ | Cours d'embryologie en ligne à l'usage des étudiants et étudiantes en médecine |
GLOBE | http://www.globe-swiss.ch/fr/ | Données écologie des eaux mises en réseau. Accès carto état des eaux en suisse |
liens "Botanique" |
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Gbif | http://www.gbif.org/ | Global Biodiversity Information Facility (GBIF) : Offrir un libre accès aux données scientifiques primaires concernant la biodiversité |
ToL | http://tolweb.org/tree/ | The Tree of Life Web Project (ToL) is a collaborative effort of biologists from around the world. |
UniProt Taxonomy (ex- NEWT) | http://beta.uniprot.org/taxonomy/ | Informations taxonomiques |
CRSF | http://www.ville-ge.ch/cjb/rsf/fra/database.htm | Centre du Réseau Suisse de Floristique (CRSF) |
NCBI Taxonomy browser | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi | The NCBI taxonomy database attempts to incorporate phylogenetic and taxonomic knowledge from a variety of sources, including the published literature, web-based databases, and the advice of sequence submitters and outside taxonomy experts. |
Botanik.ch | http://www.botanik.ch/ | portail poour la botanique suisse (de) |
Sophy | http://junon.u-3mrs.fr/msc41www/ | Phytotypes pour chaque plante de France |
Swiss Web Flora | http://www.wsl.ch/land/products/webflora/floramodul1-fr.html | Cartes de distribution des espèces végétales suisses |
Schweizer flora arten | http://tecfa.unige.ch/perso/maltt/dethure7/SchweizerFloraArten.php | Indices écologiques de Landolt |
U-Basel Botanical image database | http://pages.unibas.ch/botimage/ | Base de données prhotographique des plante suisses |
CJB | http://www.ville-ge.ch/cjb/ | Jardin Botanique Genève |
Tela Botanica | http://www.tela-botanica.org/ | Le réseau de la botanique francophone |
Belles fleurs de France | http://erick.dronnet.free.fr/belles_fleurs_de_france/accueil.htm | Belles fleurs de France - avec bonnes photos, à rechercher par noms latins ou familles ou noms français |
Flora of Europe | http://utopia.knoware.nl/users/aart/flora/ | En anglais, avec photos (un peu maigres en pixels) classées par familles |
L'herbier virtuel | http://www.planete.org/herbier/ | L'herbier virtuel, fleurs toxiques classées par nom latin. familles, noms français. Description des propriétéss médicinales et/ou de la toxicité de chaque espèce. |
Photoflora | http://photoflora.free.fr/ | De belles photos de fleurs à rechercher par famille, nom latin, etc. |
Nom latin <-> Fr | Plantes | |
Dictionnaire an-fr | Freedict |
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