Scénario 3c : du nom à la séquence (mucoviscidose)

Principe :

1. Informations générales sur la maladie la maladie grâce à Gene and Disease
2. Identifier le gène grâce à UniProt
3. Trouver la structure du gène sur UniProt
4. Trouver les mutations les plus fréquentes sur Uniprot
5. Identifier les gènes impliqués et leur localisation sur les chromosomes grâce à Mapviewer
6. Collecter des informations sur la maladie (et les noms de gènes) grâce à MIM
7. Trouver les mutations responsables des maladies dans UniProt
8. Trouver les séquences ADN, ARN et protéines via Entrez Gene

En cours de re-rédaction

Genes and diseases: un ouvrage de référence pour trouver les gènes impliqués dans les maladies, proposé par le NCBI .

1. Informations générales sur la maladie la maladie grâce à Gene and Disease

• Choisir la maladie se souvenir que Mucoviscidose = Cystic Fibrosis
• Solution On y trouve pas mal d'infos sur la maladie
• imprimer depuis le PDF rsepiratory diseases la page Cystic Fibrosis

2. Identifier les gène grâce à UniProt

Chercher l'entrée correspondant au gène impliqué dans la mucoviscidose dans UniProtKB

Taper 'mucoviscidose': l'outil vous propose la traduction: Did you mean: mucoviscidosis ?

Confirmer : On trouve en haut de la liste l'entrée humaine P13569

CFTR_HUMAN Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

3. Trouver la structure du gène domaines, variantes, etc sur UniProt

Aller chercher la séquence (UniProt), dans les Sequence annotation (Features) trouver la structure du gène , les domaines transmembranaires etc

C'est un canal permettant le transport du chlore entre autre -> on s'attend à y trouver des zones Transmembrane

4. Quelle est la mutation la plus fréquente ?

A partir de l'entrée UniProt aller voir la liste des 'natural variations' (dans la section 'Sequence annotation')
Regarder en particulier celles qui donnent la maladie ('in CF')
• Remarquer qu'il y en a plusieurs qui sont responsables de la maladie....
• Cliquer sur une mutation: exemple:
  Natural variant 13 S -> F in CF.
  Guider les élèves pour trouver que la 507 est la plus fréquente (chercher dans la page "most common" avec ctrl-F ou commande -F)
  Cliquer sur la mutation ( C-> F par exemple)

  Vous arrivez dans une nouvelle page qui donne plus d'info sur cette mutation : Residue conservation Alignment from Blast search

  Vous pouvez voir que le S est conservé chez les espèces pour lesquelles la séquence est connue.

  Faire un blast et construire un arbre (attention au choix des séquences et donc aux noms des gènes...) (cf Scénario 5)

  Parmi les mutations répertoriées, lesquelles sont retrouvées chez d'autres espèces ?

  Dans quelles espèces ce gène est-il connu ?