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Scénario 22 - simplifié

1 Introduction: des génomes et des protéines accessibles librement

Les génomes, pour vérifier soi-même

En 2001, les revues Nature et Science publiaient une première analyse de la séquence 'brouillon' du génome humain, soit plus de 3 milliards de nucléotides.

En 2011, les séquences de plus de 5000 génomes de diverses espèces sont maintenant disponibles et accessibles sur internet.

Exemples:

Les protéomes, pour vérifier soi-même

En 2008, la banque de données UniProtKB proposait un premier set complet de toutes les protéines codées par le génome humain (protéome), soit plus de 20'200 protéines.

En 2011, plus de 2500 protéomes de diverses espèces sont maintenant disponibles et accessibles sur internet.

Exemples:


2 Notre humanité est - aussi - le fait de nos gènes : essayons de le voir !

Rendez-vous sur le site Mapviewer consacré au génome humain.

Mapviewer est un outil permettant de localiser un gène dans le génome humain en recherchant le nom du gène en question.

Sur quel(s) chromosome(s) sont localisés les gènes codant pour les protéines suivantes:

Dans Mapviewer: Introduire (dans "search for" le nom du gène que vous souhaitez localiser dans le génome humain

Choisir dans cette meme barre bleue assembly: reference ...

Cliquer le bouton Find

Sélectionner la case Quick Filter cliquer l'option Gene , et cliquer Filter

Voir aussi :

Remarque: l'être humain possède environ 20'300 gènes codant pour des protéines.

3 Notre ADN est similaire à celui de nombreuses autres espèces animales et végétales : essayons de le voir !

Combien de chromosomes possèdent le chimpanzé? l'abeille? et le riz?
La structure de ces chromosomes a-t-elle des similitudes ?

Cliquez sur la page d'accueil de Mapviewer : prenez la mesure de tous les génomes disponibles

Choisissez une espèce ( p. ex. humain, puis chimpanzé, puis abeille, puis riz) : observez la vue d'ensemble

Trucs: L'humain est Homo sapiens et comme le chimpanzé c'est un primate, l'abeille se dit 'honey bee' en anglais, le riz est une plante 'flowering plants / monocots';

Cliquez sur les 'versions' des génomes appelées 'Build' ou 'Release'

Pour les plus curieux...

Chez le chimpanzé: sur quel chromosome sont localisés les gènes codant pour les protéines suivantes:


4 Notre ADN est truffé de séquences d'autres organismes (virus, bactéries, etc.) : essayons de voir !

L'analyse du génome humain a révélé, entre autres, que 8 à 10 % de la séquence du génome est d'origine virale ! ...alors que seulement ~1.5 % de la séquence du génome 'code' pour des protéines !

Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine.

Localiser les séquences d'origine virale dans le génome humain

Les vestiges des génomes des rétrovirus endogènes peuvent contenir 3 gènes viraux typiques:

Vous pouvez chercher directement ces différents 'gènes' (devenus inactifs pour la plupart) dans le génome humain à l'aide de Mapviewer.

Remarque: il n'existe pas de nomenclature officielle pour ces séquences d'origine virale. Le résultat de votre recherche n'est pas précis ni exhaustif, mais vous permettra de voir que les vestiges de ces séquences virales sont répartis dans tout le génome humain, sur les différents chromosomes.

Dans Mapviewer: Introduire le nom du gène que vous souhaitez localiser dans le génome humain (env, pol, ou gag...) Choisir assembly: reference ...

Résultats:

Pour aller plus loin :


Ce scénario est une adapation du scénario "Des génomes et des protéines" produit par le Swiss Institute of Bioinformatics