barre de nav. TECFA F.Lo

MicroArray : 3 scénarios

Les Cytochrome P450 et ses variants (CYP450 2C19 et CYP450 2D6)

Articles de référence ici http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/bist/scenario15/#cytp450

Trouver l'entrée sur UniProtKB/Swiss-Prot: P33261 (CYP450 2C19) et P10635 (CYP450 2D6)
Aller dans 'Sequence annotation': Natural variant
Liste des mutations testées au niveau nucléotidique pour 2C19 : UniProt CYP2C19 puis Cross references pour MIM ici
On voit que les porteurs de la variante mutée en 681 G>A et en 636 G>A et on comprend pourquoi elles ont été utilisées par affimetrix pour faire leurs sondes.

Cancer du sein: profil d'expression

A partir d'une image très vulgarisée poser le problème et chercher à remonter à l'article d'origine

(van de Vijver, M. J., et al. (2002). A Gene-Expression Signature as a Predictor of Survival in Breast Cancer. New England Journal of Medicine, 347(25), 1999. intranet.pdf)

Voir le scenario15 sur le pronostic

3 . Exploration de nombreux gènes exprimés différentiellement au cours du développement chez le mâle ou la femelle

Ces gènes sont soit la cause soit la conséquence des différences entre mâle et femelle Publication:

Données publiques

http://www.medecine.unige.ch/recherche/research_groups/nef/ Rubrique microarrays
http://www.skyrm.net/project/mouse/ (user: mouseproject, password: mouse) et là on peut voir les gènes qui changent sous forme graphique etc...

Exemple avec Sox2 : On voit le profil d'expression dans le temps

Liste de gènes à chercher (cf papier Nef et al, 2005):
Sox2, Wnt4, follistatin, BMP2, Gpr37, Irx3, Runx1

Aussi la succession des scatterplot

These scatterplots represent the systematic comparison of the log2-scaled expression signals from male and female somatic transcriptomes at E10.5, E11.0, E11.5, E12.5 and E13.5. Blue dots represent genes with expression levels statistically similar both in male and female gonads, while red dots represent genes whose expression profiles were found to be sexually dimorphic ( 1.5 fold change)

Dernière révision novembre 2009. Au rythme où les choses changent, il faut s'attendre à ce que certains liens ne fonctionnent plus ou que l'apparence voire la structure de certains sites aitent changé d'apparence. Le lecteur saura adapter

Liens :

Site web d'Affimetrix(images d'appareillage, de résultats d'expérience...):

Genome Browser University of California Santa Cruz (UCSC): http://genome.ucsc.edu/

Sélection de liens BIST

Références

van de Vijver, M. J., He, Y. D., van't Veer, L. J., Dai, H., Hart, A. A. M., Voskuil, D. W., et al. (2002). A Gene-Expression Signature as a Predictor of Survival in Breast Cancer. New England Journal of Medicine, 347(25), 1999. intranet.pdf

Retour à BIST | Swiss-Prot| M.C. Blatter | Projets Home de F. Lo