Ce scénario est un complément aux expériences proposées par P. Linder (Expérience 10: Les antibiotiques ont changé notre vie: ce scénario n'est pas disponible encore sur le nouveau site de BiOutils)
Dans ce TP on cherche à trouver dans quelles espèces se retrouvent les protéines 'sensibles' aux antibiotiques.
Découvrir, grâce à une analyse in silico que les protéines cibles des antibiotiques n'existent que chez les bactéries ou mitochondries/chloroplastes de cellules eucaryotiques, mais ne sont pas codées par les génomes nucléaires des organismes supérieurs.
Les gènes impliqués dans la synthèse de la paroi bactérienne (proteoglycan) sont groupés en 'cluster'. Il y a essentiellement les gènes suivants : murE, murF, murX, murD, ftsW, murG, murC, ftsZ
1. Trouver le gène murE de E. coli dans UniProtKB/Swiss-Prot ...avec un flair énorme on trouverait que c'est (P22188)
2. Faire un BQuicklast P search (blast sur tout)
3. Utiliser l'option NiceBlast view pour faire apparaître en toute lettres l'organisme dont la séquence est dérivée. Attention aux valeurs E qui ont un sens biologique !
4 . Revenir à la page précédente Utiliser l'option Taxonomic view pour faire apparaître en toute lettres l'organisme dont la séquence est dérivée. Attention aux valeurs E qui ont un sens biologique !
Les protéines ribosomales sont classées par famille (L1 à L49). Prendre comme exemple les protéines ribosomales RL22: la famille L22 est connue pour être responsable de la sensibilité à l'érythromycine
1. Trouver la protéine ribosomale RL22_ECOLI dans UniProtKB/Swiss-Prot
2. Faire un Blast général
3. Utiliser l'option NiceBlast view pour faire apparaître en toute lettres l'organisme dont la séquence est dérivée. Attention aux valeurs E qui ont un sens biologiques !
4. Faire un Blast contre les séquences eucaryotiques : on retrouve à quelques petites exceptions près, que des protéines de chloroplaste ou de cyanelle (ou plastid)!
Pour info: La famille procaryotique équivalente à L22 eucaryotique est la famille L17.
| Dernière révision novembre 2009. Au rythme où les choses changent, il faut s'attendre à ce que certains liens ne fonctionnent plus ou que l'apparence voire la structure de certains sites aitent changé d'apparence. Le lecteur saura adapter |
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