page1
TP1 Bis
Positionner les espèces dans un arbre taxonomique de référence.
Un exemple dont on peut s'inspirer :
Un exemple dont on peut s'inspirer :
TP 2 jeudi :
Un exemple dont on peut s'inspirer :
Autre exemple possible (avancé)
Trouver la position systématique d'un organisme (et des infos) à partir de son nom : placer l'espèce dans un arbre pré-existant. Quel intérêt a pour vous cette approche par rapport à tenter de faire découvrir par les élèves une taxonomie ?
A partir de spécimens conservés, d'articles ou de la pizza taxonomique (scénario 16) réaliser une liste de noms d'espèces qui fait du sens pour les élèves.
Trouver les noms latins
Aller chercher dans une base taxonomique (ADW par exemple) ou UniProt/Taxonomy et repérer pour chaque espèces l'embranchement, la classe.
Former / afficher un arbre au tableau.
Rassembler les infos pour placer chaque espèce dans l'arbre taxonomique avec toute la classe.
A partir de spécimens conservés, de bioplastiques ou d'illustrations établir une liste de noms d'espèces qui fait du sens pour les élèves. Trouver le nom latin.
Eventuellement laisser les élèves se constituer une liste différente par groupe.
Former un arbre avec les espèces repérées avec l'outil du NCBI « CommonTree »
http://doiop.com/taxonomy
Discuter du parallélisme de ces arbres avec ceux obtenus sur la base de l'anatomie. Être prêt à discuter d'arbres un peu différents selon le choix des espèces.
Sur la base du Scénario 5 (ou si on préfère PhiloPhylo http://doiop.com/phylo)
Les élèves choisissent chacun une protéine chez plusieurs espèces, et préparent une liste, puis les alignent.
Ils forment un arbre.
Comparer les arbres obtenus avec différentes protéines.
Imprimer les arbres, sauver les fichiers comme « plan B » en cas de problème informatique.
Préparer une sélection de protéines qui sont appropriées à votre cours, les types de graphiques préférés et noter les options.
Discuter du parallélisme de ces arbres avec ceux obtenus sur la base de l'anatomie. Ètre prêt à discuter d'arbres un peu différents selon le choix des espèces.
A partir d'un alignement, chaque groupe avec une autre protéine:
Suivre l'exercice 1, puis:
Construire un alignement avec les séquences de protéines pour lesquelles une structure 3D est connue.
Exemple: Comparer les séquences de la Rhodopsine du calmar (P31356) et du boeuf (P02699)
Comparer les structures 3D correspondantes (calmar: PDB 2Z73 et boeuf: PDB 1GZM) pour trouver des similitudes.